Hola Fabiola,
¿De qué material es el colchón de cuna? Los colchones más transpirables son los de muelles y para bebés, por su firmeza, son muy recomendables. Generalmente es más complicado que se enmohezca un colchon de muelles debido a que el aire circula con libertad por su interior liberando el calor y la humedad con mayor facilidad que otros materiales.
Te aconsejaría que compres un colchón de cuna con muelles, airees el dormitorio cada día y gires el colchón con mucha frecuencia para evitar la humedad. Quizá deberías utilizar algún tipo de funda de colchón para protegerlo de la suciedad y la humedad, pero asegúrate de que la funda es transpirable para que no le dé calor al bebé.
Puedes encontrar un colchón de cuna de muelles de excelente calidad en MaxColchon: http://www.maxcolchon.com/colchon-de-cuna-sirena-p-51.html Tiene tratamiento antiácaros y bactericida.
Espero haberte ayudado, un saludo.